Organe der Landeszentrale sind gem. Art. 10 Abs. 2 BayMG der Medienrat, der Verwaltungsrat und der Präsident.
 
Die Aufgaben der Landeszentrale werden nach Art. 12 Abs. 1 BayMG durch den Medienrat wahrgenommen, soweit nicht der Verwaltungsrat oder der Präsident selbständig entscheiden.

Weitere Organe der Landeszentrale sind gemäß dem seit 01. September 2008 in Kraft getretenen 10. Rundfunkänderungsstaatsvertrag die Kommission für Zulassung und Aufsicht (ZAK) und die Gremienvorsitzendenkonferenz (GVK).

Fallweise sind gemäß § 35 Abs. 2 RStV zur Prüfung der Bestimmungen zur Sicherung der Meinungsvielfalt auch die Kommission zur Ermittlung der Konzentration im Medienbereich (KEK) sowie zur Überprüfung der Bestimmungen des Jugendschutzes die Kommission für Jugendmedienschutz (KJM) als Organe der Landeszentrale tätig.