Im Aufgabenkatalog der BLM nimmt die Förderung von Medienkompetenz einen wichtigen Platz ein. Die BLM trägt dazu bei, dass Kinder und Jugendliche lernen, eigenverantwortlich, kritisch und kreativ mit Medien umzugehen. Dabei steht nicht primär der Aspekt der Vermittlung technischen Wissens im Mittelpunkt, gefördert wird vielmehr die Kompetenz, Medien verantwortungsvoll zu nutzen. Die Landeszentrale kooperiert in diesem Bereich mit renommierten Partnern und beteiligt sich sowohl inhaltlich als auch finanziell an Initiativen und Projekten. 2008 wurde die Stiftung Medienpädagogik Bayern von ihr ins Leben gerufen. Außerdem nimmt sie medienpädagogische Forschungsaufgaben wahr: Zahlreiche Studien zur Untersuchung des Medienverhaltens und der Medienrezeption werden von der BLM in Auftrag gegeben, finanziert und im Rahmen der BLM-Schriftenreihe veröffentlicht. Für medienpädagogische Aktivitäten sieht der Haushalt der BLM jährlich ca. 800.000 € vor.
